#!/usr/bin/perl
#autobox
#Generate box for AutoDock Vina automatically
#
#V.R.

use List::Util qw( min max );

die "Usage ./autobox.pl FILE.pdbqt\n" if(!defined($ARGV[0]));
open($fh, $ARGV[0]) or die "Could not open file '$filename' $!";
 
while (my $row = <$fh>) {
        if ($row =~ m/^ATOM/) {
                #print "$row";
                @line = split(/ +/, $row);
                push @x, $line[6];
                push @y, $line[7];
                push @z, $line[8];
  }
}
close $fh;

$maxx = max(@x);
$maxy = max(@y);
$maxz = max(@z);
$minx = min(@x);
$miny = min(@y);
$minz = min(@z);

#print "max(x): ", $maxx, "\n";
#print "max(y): ", $maxy, "\n";
#print "max(z): ", $maxz, "\n";
#print "min(x): ", $minx, "\n";
#print "min(y): ", $miny, "\n";
#print "min(z): ", $minz, "\n";

$size_x = ($maxx - $minx)/2;
$size_y = ($maxy - $miny)/2;
$size_z = ($maxz - $minz)/2;
$center_x = $maxx - $size_x;
$center_y = $maxy - $size_y;
$center_z = $maxz - $size_z;

open(my $fh, '>', 'box.pdb') or die "Could not open file '$filename' $!";
print $fh ("
HEADER    CORNERS OF BOX
REMARK    CENTER (X Y Z)   $center_x  $center_y  $center_z
REMARK    DIMENSIONS (X Y Z)   $size_x  $size_y  $size_z
ATOM      1  DUA BOX     1     $minx  $miny  $minz
ATOM      2  DUB BOX     1     $maxx  $miny  $minz
ATOM      3  DUC BOX     1     $maxx  $miny  $maxz
ATOM      4  DUD BOX     1     $minx  $miny  $maxz
ATOM      5  DUE BOX     1     $minx  $maxy  $minz
ATOM      6  DUF BOX     1     $maxx  $maxy  $minz
ATOM      7  DUG BOX     1     $maxx  $maxy  $maxz
ATOM      8  DUH BOX     1     $minx  $maxy  $maxz
CONECT    1    2    4    5
CONECT    2    1    3    6
CONECT    3    2    4    7
CONECT    4    1    3    8
CONECT    5    1    6    8
CONECT    6    2    5    7
CONECT    7    3    6    8
CONECT    8    4    5    7
");
close $fh;

open(my $fh, '>', 'conf.txt') or die "Could not open file '$filename' $!";
print $fh ("
center_x = $center_x
center_y = $center_y
center_z = $center_z
size_x = $size_x
size_y = $size_y
size_z = $size_z
");
close $fh;